Biomni: 通用生物医学AI智能体介绍

概述

Biomni是一个通用的生物医学AI智能体，旨在跨多个生物医学子领域自主执行广泛的研究任务。通过将前沿的大语言模型（LLM）推理与检索增强规划和基于代码的执行相结合，Biomni帮助科学家显著提高研究效率并生成可测试的假设。

快速开始

安装

软件环境较为庞大，提供了一个单一的 setup.sh 脚本进行环境设置。首先按照该文件设置环境，然后激活环境 E1：

conda activate biomni_e1

接着安装最新的 Biomni 包：

pip install biomni --upgrade

也可以从 GitHub 源代码版本进行安装。最后，在 ~/.bashrc 配置文件中配置 API 密钥：

export ANTHROPIC_API_KEY="YOUR_API_KEY"
export OPENAI_API_KEY="YOUR_API_KEY" # 如果你只使用 Claude，则此配置可选

基本使用

进入环境后，即可开始使用 Biomni：

from biomni.agent import A1

# 使用数据路径初始化智能体，首次运行时数据湖将自动下载（约 11GB）
agent = A1(path='./data', llm='claude-sonnet-4-20250514')

# 使用自然语言执行生物医学任务
agent.go("Plan a CRISPR screen to identify genes that regulate T cell exhaustion, generate 32 genes that maximize the perturbation effect.")
agent.go("Perform scRNA-seq annotation at [PATH] and generate meaningful hypothesis")
agent.go("Predict ADMET properties for this compound: CC(C)CC1=CC=C(C=C1)C(C)C(=O)O")

贡献代码

Biomni 是一个依赖社区贡献的开放科学项目，欢迎以下类型的贡献：

• 新工具：专业的分析函数和算法
• 数据集：经过整理的生物医学数据和知识库
• 软件：现有生物医学软件包的集成
• 基准测试：评估数据集和性能指标
• 其他：教程、示例和用例

同时，也欢迎对现有工具进行更新，许多当前工具尚未优化，修复和替换都很受欢迎。查看贡献指南了解如何为 Biomni 生态系统做出贡献。如果有想要添加的特定工具、数据库或软件，也可以提交到指定表单，Biomni 团队将进行实现。

招募贡献者

Biomni - E1 只是生物医学行动空间中可能实现的一小部分。现在，正在构建 Biomni - E2，这是一个为社区开发并由社区参与的下一代环境。相信通过共同定义和整理标准生物医学行动的共享库，可以为每个人加速科学研究。有重大贡献的参与者（例如，贡献 10 个以上重要且集成的工具或等效贡献）将被邀请作为即将发表在顶级期刊或会议上的论文的共同作者。所有贡献者都将在出版物中得到认可。

教程和示例

提供了 Biomni 101 教程，介绍基本概念和入门步骤，更多教程即将推出。

网络界面

可以通过 biomni.stanford.edu 的无代码网络界面体验 Biomni。

发布计划

• 真实世界研究任务基准测试/排行榜发布
• 如何为 Biomni 做贡献的教程
• 基线智能体教程
• Biomni A1 + E1 版本发布

注意事项

此版本于 2025 年 4 月 15 日冻结，因此与当前的网络平台有所不同。Biomni 本身采用 Apache 2.0 许可，但某些集成工具、数据库或软件可能带有更严格的商业许可。在进行任何商业使用之前，请仔细审查每个组件。

引用

@article{huang2025biomni,
  title={Biomni: A General-Purpose Biomedical AI Agent},
  author={Huang, Kexin and Zhang, Serena and Wang, Hanchen and Qu, Yuanhao and Lu, Yingzhou and Roohani, Yusuf and Li, Ryan and Qiu, Lin and Zhang, Junze and Di, Yin and others},
  journal={bioRxiv},
  pages={2025--05},
  year={2025},
  publisher={Cold Spring Harbor Laboratory}
}